Nagyapjának Plzenben (németül Pilsen) kis lakatosműhelye volt, apja pedig a városi kórház főorvosa volt. Skoda származásáról ma is vitatkoznak a cseh, osztrák és német történészek, mivelhogy a gyáros jobban beszélt németül, mint csehül. Ennek okát a cseh kutatók abban látják, hogy német iskolákat látogatott, lévén hogy műszaki végzettséget akkoriban anyanyelvén nem szerezhetett. A mindennapi életben ugyanakkor nagyon gyakorlatiasan viselkedett, a közéletben meglévő cseh-német ellentéteket soha nem engedte be gyárába.

A prágai egyetemen két évet tanult, de mérnöki diplomáját már Karlsruhéban szerezte meg. Ezután Franciaországban, Angliában és Poroszországban tett tanulmányutat, innen 1866-ban, az osztrák-porosz háború kitörésekor kiutasították. Hazatérve három évig Waldstein-Vertenberk gróf pilseni üzemében lett főmérnök, három év múlva megvette és rövid idő alatt felvirágoztatta a gyárat. Skoda terjeszkedésbe fogott, a pilseni telephez új létesítményeket, vasútvonalat épített, a gépgyártás mellett belefogott a fegyvergyártásba is, 1890-től állított elő géppuskákat, majd ágyúkat és lőszert az osztrák-magyar hadsereg számára.

Gépműhelyeit, kovácsüzemeit és szerszámkészítő műhelyeit 1899-ben Skoda Művek néven egyesítette, létrehozva Európa egyik legnagyobb, 37 ezer embert foglalkoztató ipari komplexumát. A vállalat szállított alkatrészeket a niagarai vízerőműhöz és a szuezi csatorna zsilipjeihez, cukorgyárakhoz Törökországban és sörfőzdékhez Európa-szerte.

Emil Skoda rendkívüli szakmai tudásának köszönhetően gépészetet oktató professzorként is tevékenykedett Bécsben, a művészeket is támogatta, cégei nyereségéből sok alkotót szponzorált. Tekintélyes és befolyásos gyárosként, az osztrák felsőház tagjaként 60 évesen fejezte be életét 1900. augusztus 8-án az ausztriai Amstettenben. A plzeni Szent Miklós temetőben nyugszik. A gyorsan fejlődő céget 1909-től fia, Karl vezette. Az I. világháborúban a Skoda Művek volt az Osztrák-Magyar Monarchia legnagyobb fegyvergyártója, kivált mozsárágyúi bizonyultak hatékonynak.

Az immár csehszlovák Skoda Művek 1918 után leszerelte hadiipari kapacitásait, és erőteljes korszerűsítő programba fogott. A II. világháborúban a konszern legtöbb vállalatát beolvasztották a német hadiiparba, ezért 1945 áprilisában egy szövetséges légitámadás a gyár hetven százalékát a földdel tette egyenlővé. A Skoda Műveket 1945-ben államosították, utolsó tulajdonosát, Skoda magát már németnek valló unokáját internálták, és a táborban halt meg. A Skoda Művek, amelyről levált a Mladá Boleslav-i autógyár és a prágai repülőgépgyár, főként a szocialista piacra szállított gépipari termékeket. A rendszerváltás után a vállalatot privatizálták, 2000-ben pedig megalakult a Skoda Holding, amely közlekedési eszközöket gyárt, egyebek között Miskolcra szállít villamosokat, Szegedre és Budapestre trolibuszokat.

A Skoda 1925-ben vásárolta meg az 1895-ben Václav Klement könyvárus és Václav Laurin gépészmérnök által alapított gyárat, amely kezdetben kerékpárokat, később motorkerékpárokat készített és 1905-től gyártott sorozatban személygépkocsikat. A Laurin és Klement az első világháború előtt a világ számos országában volt jelen (Budapesten az Andrássy út 10. alatt volt irodája), s még a japán császár fiának is szállítottak autót. A cég pénzügyi gondjai és a fejlesztési kényszer miatt olvadt össze a csehszlovák gépipar legnagyobb vállalatával. Termékeit 1925 júniusa után Skoda néven forgalmazta és ekkor jelent meg az autókon a máig használt szárnyas nyíl embléma.

A Skoda Művek 1946-os államosítása után a műszakilag fejlett Octavia és Felicia modellek a szocialista járműgyártás ikonjai voltak. A Magyarországon is népszerű Felicia volt az egyetlen nyitható tetejű sportkocsi a keleti autók közt. A hatvanas évektől farmotoros családi autók kerültek ki a gyárból. A rendszerváltást követő privatizáció során, 1991-ben a Mladá Boleslav-i Skoda autógyár a Volkswagen csoport tagja lett, s az onnan kikerülő esztétikus megjelenésű, korszerű műszaki tartalommal bíró autók immár a minőség tekintetében is világszerte elismerést aratnak. Emil Skoda szülővárosában, Plzenben a Skoda Holding számos vállalata működik ma is.