A legmagasabb, öt csillagos értékelés eléréséhez az autónak minden kulcsfontosságú Euro NCAP területen jól kell teljesítenie. Az új Audi Q3 tökéletesen teljesítette ezt a feladatot mind a felnőtt- és gyermek-utasvédelem, mind a veszélyeztetett úthasználók védelme és a vezetést támogató rendszerek tekintetében. Az aktív támogatást kínáló biztonsági rendszerek - amilyen például a városi forgalomban és az autópályán is dolgozó automatikus vészfékezés - szintén részét képezik az NCAP összesített értékelésének, ahol ezek 40 százalékos súlyozással szerepelnek a felnőtt utasvédelem, 20 százalékos súllyal a veszélyeztetett úthasználók védelmének és 20 százalékos súllyal a biztonsági rendszerek minősítésénél.

Az új Audi Q3 esetében ezek a műszaki megoldások mind elérhetőek. Az Audi pre sense basic és az Audi pre sense front biztonsági rendszerek az alapfelszereltség részét képezik. Utóbbi egyértelmű vizuális, hang-, illetve tapintásbeli jelzéssel figyelmezteti a vezetőt, amennyiben gyalogosokkal, kerékpárosokkal és más járművekkel adódó kritikus helyzetet érzékel radarjaival. Szükség esetén pedig akár vészhívást is kezdeményez. Szintén az alapfelszereltséghez tartozik az Audi side assist rendszere, amely a sávváltásnál figyelmeztet a holttérben tartózkodó járművekre illetve az éppen igénybe vett forgalmi sáv elhagyására figyelmeztető rendszer, az Audi active lane assist. Az opcionálisan rendelhető asszisztens rendszerek csomagja tartalmazza az adaptív menetasszisztenst (adaptive cruise assist), a közlekedési táblák kameraalapú felismerését, a parking system plus rendszert, a fényszóró asszisztenst és a vészhelyzeti asszisztenst.

Az új Audi Q3 az utasvédelem terén is tarol. Az utascella alapját ugyanis melegen alakított acélból készült alkotóelemek alkotják. Ezeket elsősorban a tűzfal és a hosszanti merevítések átmeneteinél használják illetve a központi alagútnál, a küszöböknél, az A és a B oszlopoknál, a tetőszerkezetnél valamint a hátsó hosszanti merevítéseknél. A melegen alakított alkatrészek - amelyek az alacsony súlyt és az extrém szilárdságot garantálják - a karosszéria súlyának 26 százalékát teszik ki. Alkalmazásuk kitűnő alapot biztosít a kiemelkedő ütközési biztonság és a merevség szempontjából.

Az Európai Újautó-értékelési Programot (New Car Assessment Program; Euro NCAP) az európai közlekedési minisztériumok, autóklubok, biztosítási társaságok és kutatóintézetek támogatják. Összesen nyolc európai ország tizenkét intézménye vesz részt a munkájában. Az Euro NCAP tesztjein szinte mindegyik új autót tesztelik és értékelik az általuk kínált passzív és aktív biztonság alapján. A program tesztkövetelményei messze meghaladják a jelenleg Európában érvényes törvényi szabályozás kritériumait.