Az új ŠKODA Fabia mind az öt értékelési szempont (felnőtt- és gyermek-utasvédelem, biztonsági vezetői segédrendszerek és gyalogosvédelem) szerint a legmagasabb, azaz ötcsillagos minősítést kapta. Az értékelés külön kiemeli a Fabia rendkívül szilárd utascelláját. A kisgyermekek (18 hónapos korig) biztonsága terén a ŠKODA Fabia a maximális pontszámot szerezte meg, s a háromévesek számára nyújtott védelmét is nagyon jónak találták.

Az új ŠKODA Fabia olyan innovatív biztonsági rendszereket is felvonultat kínálatában, amelyek korábban csupán a nagyobb járműkategóriák kiváltságai lehettek. Premierjét tartja az új ŠKODA Fabia sorozatban az extrafelszerelésként kínált, integrált városi vészfék-funkcióval kiegészített Front Assistant rendszere. E technika radarérzékelőjével folyamatosan ellenőrzi az elöl haladó jármű távolságát, s szükség esetén közbelép, eszköztára pedig a figyelmeztető jelzéstől egészen az önműködő vészfékezésig terjed. Szintén első ízben áll rendelkezésre a ŠKODA Fabia számára a másodlagos ütközésvédelem funkciója, amely az elektronikus menetstabilizáló rendszer (ESC) részeként a balesetet követő másodlagos ütközések veszélyét mérsékli.

Mindezeken túl első alkalommal rendelhető a ŠKODA Fabia a fáradtságérzékelő rendszerrel (Driver Activity Assistant), a további biztonsági berendezések között pedig a sebességhatároló (Speedlimiter), az emelkedő-asszisztens (Hill Hold Control) és az elektronikus gumiabroncs-nyomásellenőrző is megtalálható.

Baleset bekövetkeztekor fejlett biztonsági rendszerek átfogó, s harmonikusan összehangolt együttese biztosít hatékony védelmet az új ŠKODA Fabia vezetője és utasai számára. Szükség esetén akár hat légzsák – első, oldal- és fejlégzsákok – óvhatja a hárompontos biztonsági övekkel közösen a bennülőket. A színvonalas passzív biztonság alapjául a nagyszilárdságú karosszériaszerkezet és annak célzottan kialakított gyűrődő zónái szolgálnak.

Az Euro NCAP (European New Car Assessment Programme) európai közlekedési minisztériumok, autóklubok, biztosítók és fogyasztóvédelmi szervezetek független konzorciuma, amely töréstesztjei alapján az új járműmodellek biztonságát értékeli.